小浜島の地質は、島の面積のわりには、八重山諸島に分布するほとんどの種類の地層がみられます。八重山の地質の縮図であるといわれるほどに変化に富んでいるのです。

帝国議事堂建設の当時、石材として切れ出され有名になったトラバーチン（琉球石灰岩の一つ）、サンゴや貝類などの化石や破片によって構成されている砂質石灰岩であるハトバナレジマ（粟石）などがあります。